本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越许多的试练后，武藤游戏与躯体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀不后踏上各自的旅途。在经历一段时刻后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的奇妙青年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消逝的地点发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。